Одной из финальных стадий очистки сточных вод является обеззараживание стоков перед выпуском. Действительно, очень неприятно осознавать, что в реку, в которой купаются люди, из которой производится забор воды для питьевых нужд, возможно, происходит сброс огромного количества патогенных микроорганизмов из-за отсутствия системы обеззараживания стоков. Поэтому наличие данного этапа обработки сточных вод обязательно к применению перед выпуском в водоём. Как правило, не требуется обеззараживание после предварительной очистки перед выпуском в коллектор централизованной канализации, поскольку на общих очистных сооружениях всё равно будет проводиться такая обработка, но в ряде случаев её владелец может потребовать дополнительной процедуры дезинфицирования.
Наиболее общей классификацией методов микробиологического обезвреживания является их разделение на химические, физические, физико-химические и биологические.
В основе химических методов является добавление в воду различных реагентов-биоцидов, из которых наиболее распространены хлор и соединения, выделяющие его в процессе разложения, например гипохлорит натрия. Также применяются озон, пероксиды, перманганаты, органические дезинфектанты, например полигексаметиленгуанидины. Преимуществом данных методов является относительная дешевизна, недостатком – изменение химического состава воды с возможным образованием потенциально токсичных соединений, устойчивость отдельных видов микробов к дезинфектантам.
Физические методы предполагают воздействие на стоки различных физических явлений. Наиболее широко распространено ультрафиолетовое обеззараживание, иногда применяется термический, радиационный и другие методы. Преимуществом является отсутствие изменения состава воды, меньшая резистентность микроорганизмов, недостатком – дороговизна установок, зачастую большое потребление энергии. В случае с радиационным обеззараживанием, дополнительным недостатком является очень дорогостоящее обеспечение безопасности окружающих и множество формальных требований, хотя этот метод и наиболее эффективен.
Физико-химические технологии, такие как флотация, коагулирование и сорбция, предполагают введение реагентов, ускоряющих тот или иной физический процесс, непосредственно приводящий к обеззараживанию. Данные методы применяются в основном как вспомогательные при проведении предочистки, поскольку для достижения результатов, требуемых существующими нормативами, только их зачастую оказывается недостаточно.
Биологический метод является довольно экзотическим для России, поскольку подразумевает длительное нахождение воды в созданных прудах, где происходит постепенное «природное» обеззараживание воды за счёт воздействия живых организмов из биоценоза пруда на патогенные биозагрязнения. К сожалению, в наших климатических условиях данный способ не может быть применён повсеместно.